Nhà thầu hoàn thành hạng mục bể lắng thứ cấp gồm 24 bể có tác dụng tách bùn và nước. Hiện có nhiều bể đã được bơm kín nước để thử nghiệm. Được biết, Nhà máy xử lý nước thải Yên Xá áp dụng công nghệ xử lý bùn hoạt tính truyền thống AO, không sử dụng hóa chất mà được xử lý bằng vi sinh.